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科研服务

动植物基因组de novo测序

常见问题

  • 基因组框架图和精细图有什么不同? 

    框架图能覆盖基因组常染色体区域90%,覆盖基因区域95%,Contig N5到5 kb,Scaffold N50达到20 kb,单碱基错误率在十万分之一以下。精细图能覆盖基因组常染色体区域95%,覆盖基因区域98%,Contig N5到20 kb,Scaffold N50达到300 kb,单碱基错误率在十万分之一以下。

  • 动植物基因组从头测序时为什么需要构建不同类型的文库?

    因为动植物基因组大、复杂度高,且存在大量的重复区域,因此需要制备不同梯度的测序文库,进行双末端测序,使得在拼接中能够跳过大范围的重复区,从而避免了基因组中重复序列造成 的错拼,提高了拼接的质量;同时结合BAC或Fosmid文库以及多种测序平台的综合运用,保证了测序的准确性和基因组的完整性,从而完成高等动植物的基因组图谱绘制。

  • 在动植物基因组从头测序中,不同测序平台分别有什么优势?

    以Illumina 为代表的二代测序平台,具有测序数据量大,成本低,可以为基因组测序提供高覆盖率的数据的优势。但是该平台存在读长短、具有 GC 偏好性等特点,难以跨过重复序列区域和高 GC 含量的区域。以PacBio 公司的RS II和Sequel 平台为代表的三代测序平台,具有读长长(平均reads 长度 > 10 kb)、测序速度快(运行时间短,单个SMRT Cell的运行时间为2~6 hour)、通量高(平均每个 SMRT Cell 产生~8G有效数据)、无 GC 偏好性、能检测碱基修饰信息(包括甲基化修饰)、无 PCR 偏向性(不需要经过 PCR 扩增,避免测序覆盖的不均一性)等特点,尤其适合动植物基因组的从头测序。根据物种基因组的特点及复杂程度,4118ccm云顶集团生物会科学地设计测序实验方案,合理地将多个平台搭配在一起使用,既能解决复杂基因组的测序难题,保证基因组测序的质量,同时也能兼顾实验项目的经济性。