年份：2016
影响因子：8.688
通过系统地整合时间序列转录组数据，无核小体染色质模式以及已知的发生情况，推测了五种热带亚洲水稻（Oryza sativa）品种对高温，水分亏缺和农田状况的响应的EGRINs顺式调控元件。
首先，通过将TFs与在其转录起始位点近端的无核体区域中具有已知顺式调控基序的基因连接，鉴定了5447个推定的445个转录因子（TF）的靶基因。然后，使用网络组件分析来估计每个TF基于其推定的靶基因表达的调节活性。最后，我们推测使用估计的转录因子活性（TFA）作为调节因子的EGRIN。
EGRINs包括由113个TFs调控的4052个靶基因之间的调控相互作用。作者解决了热休克因子家族成员的不同调节作用，包括非生物胁迫和生物钟之间的假定调控关系。使用网络组分分析进行TFA估计是将多个基因组尺度测量纳入网络推断的有效方法。
图1跨越环境条件的水稻叶片基因调控网络。
